Агенция „Митници“ се структурира в Централно митническо управление и териториални дирекции, реши правителството. 

В централното митническо управление ще има две главни дирекции - за митническо разузнаване и разследване и за информационни системи и аналитична дейност. 

От агенцията допълват, че по този начин ще се оптимизира структурата й и ще се намали излишната администрация. Освен двете главни дирекции, ще има и пет териториални структури, като по този начин ще се осъществява по-ефективно контролът на място. 

Според кабинета с промените ще се увеличат приходите в хазната.